شورای مرکزی متشکل از ۶ عضو با مسئولیت معاونت برنامه ریزی و آموزش، معاونت پژوهش و نشر، معاونت رسانه و ارتباطات، معاونت توسعه و نوآوری و دستیار ویژه دبیر با احکام انتصاب یکساله از سوی ریاست دفتر مطالعات دیپلماسی اقتصادی خواهد بود که به طور مستمر و هفتگی جلسات خود را برگزار و گزارش کار ماهانه خود را به ریاست محترم دفتر تقدیم میکند.

دبیر علمی اجرایی: موظف به اداره شورای مرکزی، اجرای تصمیمات تایید شده از سوی ریاست دفتر و هماهنگی میان بخشهای مختلف دفتر است.
معاونت برنامه ریزی و آموزش: موظف به تدارک و انجام دانش افزایی اعضاء از طریق دوره های آموزشی حضوری و مجازی منظم، کارگاه های مهارت افزایی، هماهنگی و پشتیبانی اداری، تنظیم اسناد و نامه نگاری در جهت انجام برنامه های مصوب نهایی، تهیه و تأیید صورت های مالی و هزینه های جاری دفتر مطالعات دیپلماسی اقتصادی، مدیریت آرشیو و گزارش اقدامات دفتر.
معاونت پژوهش و نشر: موظف به برنامه ریزی و اجرای کارگاه های تجربه، نشست های تخصصی، بازدیدهای میدانی، رصد و تحلیل منابع و پایگاه های اطلاعاتی تخصصی در موضوع دیپلماسی اقتصادی، تولید محتوا و خروجی های منظم زمانی در قالب یادداشت های تحلیلی، گزارش های راهبردی، نقد محتوا، تحلیل آماری و اقدام به تألیف و ترجمه کتاب و مقالات تخصصی زیر نظر اعضای شورای علمی.

معاونت رسانه و ارتباطات: موظف به گفتمان سازی عمومی دیپلماسی اقتصادی در جامعه نخبگانی و مدیریتی کشور و رسانه های جمعی، ارتباط و پیگیری مراودات دفتر مطالعات دیپلماسی اقتصادی با نهادهای خارج از دانشگاه و مدیریت رسانه های مجازی دفتر مطالعات دیپلماسی اقتصادی.
معاونت توسعه و نوآوری: موظف به تحقیقات و پیشنهادهای نوآورانه در جهت خلاقیت و گسترش برنامه های معاونت های دیگر و پیگیری تأسیس و فعالیت مجموعه های وابسته به دفتر مطالعات دیپلماسی اقتصادی با ماهیت شرکت های دانش بنیان.
دستیار ویژه دبیر: در جایگاه مشورت دبیر و پشتیبانی از وظایف شورای مرکزی دفتر مطالعات دیپلماسی اقتصادی.